新しく作ったVMのドメインコントローラーのネットワークプロファイルがどうしてもパブリックのまま変わらないので困っていたのですが、調べたらNetwork Location Awarenessサービス（ネットワークプロファイルの判定を行うサービス）の起動がドメインサービスよりも早すぎてパブリックになってしまうことが原因ということです。
サービスが依存しているのに先に起動してしまっているのが悪いので、依存関係を追加するか、サービスの起動を自動から自動（遅延起動）にするという方法があります。今回は両方やってみました。
sc config nlasvc start= delayed-auto sc config nlasvc depend= NSI/RpcSs/TcpIp/Dhcp/Eventlog/DNS/NTDS
※：DNSとNTDSが新規で追加する依存関係です
さしあたりNLAサービスを再起動（Network Listsも一緒に再起動かかります）すると解消することはわかっているので、これでしばらく様子を見てみます。